Les sites du réseau Natura 2000 participent à la préservation :
- d’habitats naturels (ou semi-naturels) rares ou menacés* sur le territoire européen (liste et critères en annexe 1 de la directive « Habitats-Faune-Flore » (1992))
- d’espèces rares ou menacées* (faune et flore) et de leurs milieux de vie (liste et critères en annexe 2 de la directive « Habitats-Faune-Flore » et annexe 1 de la directive « Oiseaux » (1979))
Les sites englobent alors des milieux de vie où ces espèces sont présentes en effectifs significatifs : zones de reproduction, d’alimentation, d’hivernage, de migration ou de développement.
Ces habitats et espèces sont « d’intérêt communautaire » ; les plus menacés d'entre eux sont dits « prioritaires ».
Les sites sont définis par chacun des pays membres de l’Union Européenne. Ils portent le nom de Zone Spéciale de Conservation (ZSC) lorsqu'ils sont désignés au titre de la directive « Habitats-Faune-Flore » et de Zone de Protection Spéciale (ZPS) lorsqu'ils le sont au titre de la directive « Oiseaux ».
* Au sein des sites Natura 2000, les habitats et les espèces d’intérêt communautaire sont encore significativement présents et peuvent, localement, paraître « abondants ». Les notions de rareté et de menace s’apprécient en fait à l’échelle du territoire européen et non à l’échelle locale. Ces zones constituent ainsi un réservoir permettant à ces habitats et ces espèces de se maintenir ou de se développer plus largement et de ne pas totalement disparaître de l'espace européen. L'abondance locale est donc à mettre en balance avec la rareté européenne.